凈化偽狂犬病對于疫苗的選擇非常關鍵。免疫豬被豬偽狂犬病野毒感染后，通常野毒不能透過胎盤感染胎兒，僅能侵襲豬只的上呼吸道組織，免疫豬野毒排毒量大大減少，至少比非免疫豬少1000倍以上，排毒期也可縮短4-7倍。但是，感染的豬偽狂犬病野毒可以在三叉神經節等神經組織中潛伏，86考網，且當豬只受體內外各種因素的影響而活化時繁殖和排毒。這是免疫豬群中豬偽狂病野毒感染持續高水平陽性率的根本原因。

　　但是：要想控制和凈化豬偽狂犬病就一定要預防或減少野毒的潛伏感染。 臨床表明，使用不同的疫苗毒株、劑量、接種途徑影響免疫接種對豬偽狂犬病野毒潛伏感染的預防。一般來說，滅活疫苗誘導產生的抗體水平不如弱毒疫苗，更重要的是，即使通過改善佐劑或多次免疫使滅活疫苗能夠誘導與弱毒疫苗相當的抗體水平，但由于滅活疫苗不能在三叉神經等偽狂犬病毒潛伏組織中增殖，因而完全不能預防甚至減少野毒的潛伏感染，另外一些TK基因缺失的弱毒疫苗也不能有效地阻止潛伏感染。

　　但一些毒株如Bartha毒株弱毒疫苗，則不僅能誘導高水平的抗體，而且除能在注射部位和周圍淋巴結繁殖外，還能在偽狂犬病毒潛伏組織中有限增殖，并可透過鼻腔和扁桃體有限排毒，由于這種“占位”作用，使弱毒疫苗能夠預防或至少減少潛伏感染，已經知道鼻腔內接種弱毒疫苗亦有助于預防或減少潛伏感染。